1.連接料的種類，溶劑型油墨用連接料的選擇面比較寬，水性油墨常見的樹脂體系基本都可以作為溶劑型連接料，比如聚氨酯、聚酰胺、硝化棉、丙烯酸等；而水性體系目前商業(yè)化的連接料產(chǎn)品僅僅局限于丙烯酸樹脂以及少量的聚氨酯。這就從根本上決定了水性油墨使用樹脂時在性能上沒有那么大的可調(diào)節(jié)余地，只能依靠丙烯酸樹脂本身的性能進(jìn)行調(diào)整。
2.水性油墨體系是一個分散體，不是均一連續(xù)的體系，這是水性油墨在儲存穩(wěn)定性方面和溶劑型油墨存在差別的一個主要原因。
同時成膜的機(jī)理也會有差別，溶劑型油墨在溶劑揮發(fā)后會立即形成一個相對均一和致密的油墨層；而水性油墨在水揮發(fā)后，需要一定的時間讓各個分散體相互靠近、相互作用后才能成膜，成膜需要一定的時間，這也是水性油墨在塑料承印物上即時牢度（又稱為下機(jī)油墨牢度）不好的一個重要原因。
3.水性油墨體系需要在堿性條件下才能保持穩(wěn)定，這就要添加不同種類的胺來調(diào)節(jié)體系的pH值。
4.水作為一種稀釋劑，與溶劑型油墨使用的有機(jī)溶劑相比，水的比熱容大，沸點高，揮發(fā)速度慢；在印刷的時候，同等干燥條件下，印刷速度沒有溶劑型油墨快，而印刷速度慢，導(dǎo)致產(chǎn)能受到影響，直接影響印刷廠的經(jīng)濟(jì)效益。這是很多印刷廠不愿意轉(zhuǎn)為使用水性油墨的一個重要原因。